Los San Francisco 49ers después de seleccionar a Javon Kinlaw y a Brandon Aiyuk en la primera ronda (14 y 25) y de no tener actividad durante el segundo día del Draft de la NFL, tuvieron un día bastante movido en el tercero.
Después de un cambio que se hizo de Matt Breida a los Miami Dolphins, los 49ers seleccionaron al Tacle izquierdo Colton McKivitz de West Virginia para agregarle más profundidad a la línea ofensiva. McKivitz inició todos los 12 encuentros en el 2019, todos de Tacle izquierdo, fue uno de los tres jugadores ofensivos de los Mountaineers en comenzar todos sus partidos. McKivitz tuvo acción en 792 de los 801 snaps ofensivos de West Virginia. Él fue rankeado como el número dos de los Big 12 para mejor calificación de más alto bloqueo de pase con 83.0 en su último año.
Los 49ers movieron hacia arriba una selección en la sexta ronda con un cambio a Philadelphia Eagles por Marquise Goodwin. Con esta selección obtenida de Philadelphia los 49ers seleccionaron el Ala Cerrada versátil Charlie Woerner. Él tuvo 34 atrapadas y una anotación durante su tiempo en Georgia.
Los 49ers tuvieron el cambio del día al cambiar las selecciones 156 y una selección de tercera ronda para el 2021 con los Washington Redskins a cambio del Tacle Trent Williams. Después de que sucediera el cambio el Tacle legendario de San Francisco Joe Staley anunció su retiro, este cambio llenaría muy bien ese enorme hueco que deja Staley después de su grande carrera.
Con la última selección del San Francisco en el NFL Draft 2020, los 49ers seleccionaron al receptor abierto Juan Jennings. El egresado de Tennesse terminó su carrera como uno de los mejores receptores de la historia de la universidad, siendo el quinto con 146 recepciones, cuarto en yardas recibidas con 2,153, y empatado en quinto con 18 recepciones para anotación.