Mientras Mike Nolan ha demostrado un fuerte entendimiento de las habilidades de dirección necesarias para tener éxito en toda las facetas del juego, su fuerza está en el lado defensivo de la pelota. Combinado con el coordinador defensivo Billy Davis y el asistente entrenador principal Mike Singletary, los defensores estan eseñados por algunas de las mentes mas avanzadas del NFL.
Esta unidad pasará muchos cambios en 2006. Con cuatro de los linebackers entrando a la temporada de descanso con contratos vencidos, San Francisco lo hizó una prioridad para refirmar dos jugadores (Derek Smith and Brandon Moore) y tambien firmar a dos defensive ends (Manny Lawson and Parys Haralson) que seran convertido a linebackers el la esquema del equipo 3-4.
Sin embargo, muchos veteranos con experiencia regresan para ayudar a los nuevos jugadores. La linea defensiva de Anthony Adams, Marques Douglas y Bryant Young eran una fuerza constante con un promedio de 14 empezadas entre ellos. El cornerback Shawntae Spencer empezó en 14 juegos y el safety Tony Parrish es una fuerza veterana confiable que ha empezado en 121 juegos en su carrera.
Con otro año en las esquemas defensivos del equipo, los fanaticos de los 49ers pueden ver que ellos mejorarán exponencialmente en 2006.
